经高温炭化和活化制得的疏水性吸附剂，活性炭含有大量微孔，具有无比的表面积，能有效地去除色度，臭味，可去除二级出水中大多数有机污染物和某些无机物，包含某些有毒的重金属，可以重复使用，不过能使用多少次。
活性炭颗粒的大小对吸附能力也有影响。一般来说，蜂窝活性炭颗粒越小，过滤面积就越大。所以，粉末状的活性炭总面积，吸附效果，但粉末状的活性炭很容易随水流入水族箱中，难以控制，很少采用。颗粒状的活性炭因颗粒成形不易流动，水中有机物等杂质在蜂窝活性炭过滤层中也不易阻塞，其吸附能力强，携带更换方便。
蜂窝活性炭的吸附原理是：在其颗粒表面形成一层平衡的表面浓度，再把有机物质杂质吸附到活性炭颗粒内，使用初期的吸附效果很高。但时间一长，活性炭的吸附能力会不同程度地减弱，吸附效果也随之下降。如果水族箱中水质混浊，水中有机物含量高，蜂窝活性炭很快就会丧失过滤功能。所以，活性炭应定期清洗或更换。
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