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树脂的极性和空间结构是影响吸附性能的重要因素一般非极性化合物在水中可以被非极性树脂吸附，极性树脂则易在水中吸附极性物质。在一定条件下，化合物的体积越大，其吸附力越强。
被吸附化合物的分子量大小不同，要选择适当孔径的树脂以达到有效分离的目的。在同一种树脂中，树脂对分子量大的化合物吸附作用较大。化合物的极性增加时，树脂对其吸附力也随之增加。若树脂和化合物之间产生氢键作用，吸附作用也将增加。
根据极性“相似相溶”的原理，对非极性大孔吸附树脂来说，洗脱剂极性越小，其洗脱能力越强，而对于中极性大孔吸附树脂和极性较大化合物，则用极性较大的溶剂较为合适，此外，上柱液浓度、pH值及外界温度也是影响其吸附性能的重要因素。
