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生物有机肥是指特定功用微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来历并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。和化肥比较，生物有机肥营养元素完全，具有改善土壤、进步产品品质、改善作物根际微生物群、进步植物的抗病虫才能、进步化肥使用率等特色，深受喜欢。
有机废弃物，包含人畜粪便、餐余垃圾、污水处理厂的副产品污泥、瓜果蔬菜市场废弃的烂瓜果烂菜叶等等，其年产量是同期工业固体废弃物产量的10倍，量大且集中，如不及时处理将带来严重的环境污染。对有机废弃物进行堆肥化处理(好氧发酵)可以实现废物的资源化利用，因此获得了广泛的应用，人们尝试着开发了众多的好氧发酵反应器，试图提高好氧发酵的效率，降低发酵设备的制造成本和运行成本。
菌肥是一种以菌类为基础的肥料，主要由菌丝体、孢子体和菌体等组成。菌肥可分为两大类：一类是以菌丝体为主要成分，如木霉菌肥、腐霉菌肥等；另一类是以菌体和孢子体为主要成分，如果霉菌肥、曲霉菌肥等。 菌肥具有以下特点：
1. 富含有机质：菌肥主要由菌类生物转化而来，富含有机质，能够提供植物所需的营养元素。
2. 促进土壤活性：菌肥中的菌类有利于土壤微生物的繁殖和活动，促进土壤的生物学活性。
3. 改善土壤结构：菌肥能够分解有机物质，改善土壤结构，增加土壤通气性和保水能力。
4. 提高植物力：菌肥中的菌类具有一定的抗病能力，能够提高植物的力，减少病害发生。
微生物菌肥集生物菌、中草药、矿物质三效合一，从二十余味中草药及海藻中发酵出的多糖类、生物碱类、类、腐殖酸类、海藻素等生物活性成分，为作物补充高能量物质及功能性物质，能够开启并促进植物次生代谢。
微生物菌肥，富含多糖类、生物碱类、类、腐殖酸类、海藻素等高能量物质以及钾、钙、镁、磷、硫、铁、锌、硼、硒、硅、锰、钼等矿物元素。通过提高作物叶片中叶绿素的含量达到营养复壮、提质增产的效果，通过提高作物体内的酶活性达到、抗逆性的作用；多种有益微生物可有效改良土壤，增加土壤的透气性，提高土壤中有机质的利用率，通过生物菌的固氮、固碳功能为作物补充营养。
微生物代谢物有直接杀菌的作用且进入土壤会在根际定殖，抢占生态位点让线虫及真无法侵染。有益微生物进入土壤会在根系周围产生大量粘多糖与植物分泌的粘液及矿物胶体、有机交替相结合，形成土壤团粒结构，提高土壤蓄肥、保水能
