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外资企业或外国人在日本设立公司时有三种方式可以选择：
1、注册日本现地法人公司：在日本设立新公司或子公司的形式开展企业经营活动是常见的方式；设立的新公司或子公司是立承担债权债务的，如果是分公司是与母公司分别计算纳税，且税后利润汇往母公司时应缴纳企业所得税。
2、注册总部驻日分公司：设置海外母公司在日本的分公司（分支机构）开展在日经营活动；在日本设立的分公司不具有法人资格，债权债务均归属于母公司。且其盈亏在总公司所在国可以和总公司合并计算纳税，分公司的税后利润汇往总公司不需要在日本缴纳所得税。
3、设置驻日代表机构：开设常驻代表机构（办事处）无需任何设立登记手续，但不可以开展经营活动，也不能以公司名义开设银行账户和租赁不动产，通常以机构代表人个人名义开设银行账户和租赁不动产。和中国的办事处相类似，常驻代表机构通常用于开展收集信息、宣传、联络等事务性而非经营性的活动。
后两种设立驻日分支机构及办事处都需要选定在日本有住所的在日代表人，所以绝大多数情况我们都会推荐客人以方式注册日本现地法人成立公司，那么成立什么种类的公司比较适合自己呢？下面我们就详细解说一下。
日本公司法项下可以选择设立公司的种类有很多，其中根据投资方在公司内部所发挥的作用的不同大体可分为「株式会社」及「持分会社」。「株式会社」是指投资方认购公司发行的股份，将公司经营管理委托给经营者（董事等），并在其出资的范围内对公司承担有限责任的企业。「持分会社」是指投资方向公司出资的同时也参与公司经营的企业。持分会社又可以细分为 1.合名会社 2.合资会社 3.合同会社 三种类型，其中前两种会社要对公司承担无限连带责任，因此前两种公司形式并不常见。下文中会选取外国人在海外设立为普遍的两种类型「株式会社」及「合同会社」作为详细讲解，分析2种公司的优劣区别和申请设立的流程及所需资料。
日本法对外国企业在日本设立公司的种类没有限制，外国企业可以自行选择设立株式会社或合同会社。据不完全统计，截至 2015 年日本共有约 264 万家公司企业，其中株式会社大约占 94%。并且根据我们的经验，外国企业在日本设立的公司当中也以株式会社居多，我们就先详细讲解株式会社的组织结构。
株式会社的组织构成
(1) 股东大会
股东大会在日文中称为“株主総会”，是公司的决策机关，由全体股东组成。股东大会的权限因公司是否设置董事会的不同而有所差异。如果公司设置董事会，股东大会则主要决定公司经营的重大事项（比如，M&A、清算等事项），董事会则通常根据公司章程的规定决定公司日常经营的其他事项。如果公司不设置董事会，则股东大会作为公司的决策机关决定公司经营的所有事项。
(2) 董事及董事会
公司可以自由选择是否设置董事会。董事会在日文中称为“取缔役会”，董事称为“取缔役”。公司设置董事会的，其董事会需要由 3 名以上董事构成。董事会选任代表董事，即法定代表人（日文为“代表取缔役”），并决定公司的日常经营的相关事项，由各董事及代表董事予以执行。董事会应当至少每3个月召开一次董事会，除公司章程另有规定外，董事会应当由过半数的董事出席，董事会决议应当由出席董事会的董事过半数通过，与决议事项存在利益冲突的董事不能对该决议事项行使表决权
董事由股东大会选任，负责执行董事会的决议事项以及公司的日常经营。董事可以有股东担任，原则上任期为2年，但是根据公司章程或选任董事的股东大会可以缩短该董事的任期。日本公司法对董事及代表董事的国籍没有限制，因此即使非经常居住在日本的外国人也可以担任董事或代表董事。
(3) 监事及监事会
公司可以选择是否设置监事或监事会，但是设置董事会的公司通常需要设置 1 名监事。监事在日文中称为“监査役”，监事会称为“监查役会”。如果公司未设立董事会，则原则上没有必要任命监査役。要建立董事会，至少需要三名董事，董事人数少于三名的公司也不要求任命监査役。监事由股东大会选任，监督董事的业务执行是否存在违反公司章程或法律的相关规定。监事的任期原则上为 4 年，与董事相同，可以根据公司章程或选任监事的股东大会缩短该监事的任期。并且，日本公司法对监事的国籍也没有限制，因此即使非经常居住在日本的外国人也可以担任监事。公司成立监事会的，监事会成员至少为3人。
(4) 其他机构
除上述公司常设机构外，根据公司的规模公司法可能对部分公司要求设置其他机构，此外公司也可以根据其业务需要设置“会计参与”协助公司制作会计资料设置“会计监查人”监督审查公司的财务账簿：以及设置决定高管报酬的报酬、董事候选人的等各个管理公司。
很多在日本设立公司的客人的大多数都会选择「株式会社」。合同会社是在2005年的公司法引入的一种新型的公司「合同会社」。虽然说「合同会社」是比较新型的公司类型，但是一年比一年高，所以办理「合同会社」的客人也在增加。
合同会社的组织构成
（1）合同会社的社员构成
业务执行社员原则上，合同会社由社员执行业务。但是，存在不止一名社员时，可以通过章程规定仅部分社员执行公司业务。业务执行社员相当于株式会社（不设置取缔役会公司）中兼任取缔役的股东。
代表社员原则上，合同会社中由执行业务的社员代表公司。但是，通过章程或章程中规定的社员互选程序，可以从执行业务的社员中选定代表公司的社员。合同会社的代表社员相当于株式会社中兼任代表取缔役的股东。法人也可以担任代表社员。此时，法人需要另外设置职务执行人（由自然人担任）。职务执行人与业务执行社员虽然名称相似，但二者是两个完全不同的概念。通过章程的规定，合同会社可以从代表社员中选定法人代表。
其他社员（除上述外）通过章程限定执行业务的社员时，其他社员虽然会记载于章程中，但其他社员并不是必要登记事项，因此不会被记载于登记簿上。
（2）社员大会的职责
日本公司法没有规定被称为社员大会的公司机构，而是对业务相关的重要意思决定的要件加以单规定，如章程变更取得全体社员的同意，股权转让时取得其他全部社员的同意等。但是在实务中，也有较多自行设置社员大会作为合同会社公司机构的情况。
那么了解了两种不同会社的组织架构后，就跟随银贝一起来看两种公司的不同点，优缺点对比及所需办理的材料吧。
